W trakcie okupacji hitlerowskiej, nazistowscy Niemcy zdewastowali synagogę oraz cmentarz żydowski. 22 stycznia 1945 roku miasto zostało zajęte przez oddziały 69 Armii I Frontu Białoruskiego Armii CzerwonejRada Ochrony Pomników Walki i Męczeństwa ”Przewodnik po upamiętnionych miejscach walk i męczeństwa lata wojny 1939- 1945”, Sport i Turystyka 1988, , str. 337.
W latach 1954-1972 miasto było siedzibą gromady Pyzdry, ale nie należało do niej.
W 1948 roku Pyzdry zostały wydzielone z powiatu konińskiego i znalazły się w powiecie wrzesińskim, gdzie znajdowały się do 30 czerwca 1975 roku. Następnie miasto i gmina Pyzdry do 31 grudnia 1998 roku wchodziły w skład województwa konińskiego. Od 1 stycznia 1999 roku ponownie weszły w skład powiatu wrzesińskiego. 16 marca 2012 roku w Pyzdrach złożył wizytę prezydent RP Bronisław KomorowskiPrezydent Komorowski z wizytą w Wielkopolsce.