Jego raport po wykryciu afery z udziałem żołnierzy pułku w męskich domach publicznych w Karaczi wywołał wiele kontrowersji i spowodował odwołanie go w roku 1849 do Anglii. Wyprawa do Mekki W roku 1853 otrzymał roczny urlop na doskonalenie swej znajomości arabskiego i wyjazd na Bliski Wschód. Dokonawszy dla niepoznaki obrzezania, w przebraniu pielgrzyma, jako afgański lekarz Mirza Abdullah dotarł do Mekki i Medyny. Jako pierwszy Brytyjczyk miał możność obejrzeć z bliska i dokonać rysunków przedstawiających najświętsze sanktuarium islamu i „czarny kamień”. Planował także wyprawę w poprzek Półwyspu Arabskiego, by móc na własne oczy zobaczyć „pusty kwartał” (arab. Rub’ al-Khali)Pustynne, piaszczyste wnętrze półwyspu., ale zachorował i zmuszony był do powrotu do Egiptu, a stamtąd do Bombaju.
Afryka Somalia W 1854 roku Burton otrzymał rozkaz spenetrowania Złotego Rogu Afryki, a w szczególności niezbadanego obszaru zwanego Somaliland (dzisiejsza Somalia). Na czele nielicznej ekspedycji, w skład której wchodzili trzej oficerowie brytyjscy – G.E. Herne, John Hanning Speke i William Stroyan, wylądował w Adenie i zaraz na wstępie odwiedził osławione w tamtych czasach centrum handlu niewolnikami Harar w północno-wschodniej Abisynii.