Do źródeł Nilu Ekspedycja – sponsorowana przez Królewskie Towarzystwo Geograficzne i brytyjskie ministerstwo spraw zagranicznych – wyruszyła w drogę w sierpniu 1857 roku z Bagamoyo w dzisiejszej TanzaniiNa wysokości Zanzibaru.. Była to pierwsza ekspedycja poszukująca źródeł Nilu, która nie wyruszyła z Aleksandrii, lecz ze wschodniego wybrzeża Afryki. Na jej czele stali Burton i współtowarzysz z Somalii – Speke. Karawana liczyła 130 tragarzy i 30 zwierząt jucznych. Sułtan Zanzibaru dostarczył przewodników z Sidi Bombayem na czele.
Wędrując szlakiem arabskich karawan, w roku 1858 dotarli do miejscowości TaboraWówczas Kezeh., położonej w odległości około 800 kilometrów od wybrzeża, gdzie dowiedzieli się, że rzekome wielkie jezioro to trzy oddzielne zbiorniki wodne. Posuwając się dalej na zachód z biegiem rzeki Malagarasi, 13 lutego 1858 roku dotarli do Udżidżi nad jeziorem Tanganika. Obaj podróżnicy byli w tym czasie obłożnie chorzy. Burton był niemal sparaliżowany, a Speke prawie oślepł od gorączki malarycznej. W tej sytuacji pozostali przez jakiś czas w Udżidżi. Speke, który pierwszy doszedł do zdrowia, odbył kilka podróży czółnem po jeziorze.