W 1934 opublikował książkę Das Beriberi-Herz. Morphologie, Klinik, Pathogenese będącą owocem jego badań nad chorobą beri-beri w Holenderskich Indiach Wschodnich i stanowiącą podstawę dla wyróżnienia tej jednostki chorobowej.
Życie rodzinne Karel Frederik Wenckebach zawarł małżeństwo w roku 1892. Syn Karela, Oswald, był rzeźbiarzem, malarzem i autorem projektu monet wybijanych w Holandii między 1948 a 1981 rokiem.
Upamiętnienia Karela Frederika Wenckebacha upamiętniają eponimy: periodyka Wenckebacha – zaburzenie rytmu serca związane z blokiem przedsionkowo-komorowym II stopnia objaw Wenckebacha – paradoksalne ruchy klatki piersiowej w przebiegu przewlekłego zapalenia śródpiersia i osierdzia pęczek Wenckebacha – wiązka mięśniówki przewodzącej pobudzenia od okolicy ujścia żyły głównej górnej do uszka prawego przedsionka.
Wybrane prace Zur Analyse des unregelmassigen Pulses („O analizie nieregularnych pulsów”). W: Zeitschrift für klinische Medizin (1899) Arythmie als Ausdruck bestimmter Funktionsstörungen des Herzens (1903) Die unregelmässige Herztätigkeit und ihre klinische Bedeutung (1914) Die unregelmassige Herztatigkeit (1927;