Kilkakrotnie miasto otrzymuje materiał budowlany na odbudowę (w latach 1649, 1706, 1729). Niesiona pomoc nie przynosi jednak ze sobą większej poprawy sytuacji. Ostatecznie, po zmianie granicy, która przebiega 5 km od miasta, Paczków traci dawne zaplecze gospodarcze w postaci uzależnionych odeń okolicznych wsi, a tym samym znaczenie gospodarcze i militarne. Liczba mieszkańców w tamtym czasie spadła do (zależnie od źródeł) z około 2800 osób w latach 20. XVII do 100 albo 700 osób w roku 1648. W tamtym czasie zrodziło się przysłowie „Szukaj mnie w Paczkowie”, w znaczeniu ukrycia się w wyludnionym miejscu, gdzie trudno znaleźć człowieka. Paczków w odbiorze jawi się ówcześnie żyjącym jako miasto opuszczone i zapomniane.
thumb|Panorama miasta na rycinie z 1738 roku wg rysunku Friedricha Bernharda Wernera W latach 1745–1747 w Paczkowie stacjonują dwa pruskie regimenty. Z powodu ciasnoty zaczyna się szerzyć zaraza pochłaniająca wśród żołnierzy i mieszkańców ofiary, które grzebane są następnie w piwnicach domów. W mieście panuje głód, spowodowany m.in. cłem, jakie wprowadziła cesarzowa Maria Teresa na produkowane w Paczkowie tkaniny.
Na początku sierpnia 1757 r. Paczków zajmują Austriacy. Po powrotnym zdobyciu terenu do Paczkowa wrócił pruski garnizon. 5 lutego 1775 miasto pustoszy wielka powódź. Kolejne nawiedzają miasto w roku 1777 (w lutym z zejściem lodu, i 10 maja) oraz w latach 1779, 1780, 1783, 1785.