W latach 1939–1945 nic nie zakłócało pracy duszpasterskiej. Leżąca na uboczu placówka zakonna nie zwracała większej uwagi niemieckiego okupanta. W pomieszczeniach klasztornych ukrywano pewną liczbę polskich książek, pochodzących z Czytelni Ludowej w Królewskiej Hucie, Związku Rezerwistów z Chorzowa, Komitetu Czytelń Ludowych w Bytomiu, Tarnowskich Górach i Królewskiej Hucie. Przez jakiś czas w klasztorze ukrywali się polscy działacze z terenu Górnego Śląska. Opiekę nad nimi roztoczył o. prezes Bernardyn Grzyśka.
Nowy kościół Po II wojnie światowej znacznie wzrosła liczba parafian. Przyczyniła się do tego rozbudowa katowickiego Osiedla Tysiąclecia na wschodnich terenach chorzowskiej dzielnicy Klimzowiec. Franciszkańska parafia obejmowała swym zasięgiem tzw. Tysiąclecie Górne. Wizytujący parafię w 1962 ordynariusz katowicki bp Herbert Bednorz zachęcił do starań o wybudowanie większego kościoła murowanego. Były to jednak czasy komunistyczne i nastąpiły trudności z uzyskaniem pozwolenia na budowę nowego kościoła.