W latach 2000–2001 na antenie radia RMF FM prowadził Perfekcyjną kolekcję. W 2005 wziął udział w akcji charytatywnej na rzecz ofiar tsunami i nagrał utwór Pokonamy fale wraz z muzykami Budki Suflera, Marylą Rodowicz, Zbigniewem Wodeckim, Grzegorzem Skawińskim i innymi polskimi wykonawcami. W 2010 wraz z Ryszardem Sygitowiczem wydał płytę Markowski & Sygitowicz. Album ten uważa się za drugi solowy w dorobku Markowskiego.
W 2019 wydał wspólną płytę z córką Patrycją Markowską pt. Droga. W obszernym wywiadzie, którego udzielił dla portalu Onet.pl, wyznał że jest to ostatnia płyta w jego karierze. W tym samym roku ogłosił odejście z zespołu Perfect z powodu spadku sił witalnych związanych z wiekiem. Ostatnie koncerty z zespołem zagrał w 2020 przed wybuchem pandemii COVID-19. Rok później, w 2021 członkowie grupy (Jacek Krzaklewski, Dariusz Kozakiewicz i Piotr Urbanek) poinformowali za pośrednictwem oficjalnego profilu zespołu w portalu internetowym Facebook o definitywnym zakończeniu działalności Perfectu.