Latem 2005 roku N’Diaye trafił do Szwajcarii. Został zawodnikiem Yverdon-Sport, w barwach którego rywalizował na boiskach drugiej ligi. W 2006 roku przebywał na testach w szkockim Rangers i ostatecznie latem menedżer Paul Le Guen postanowił podpisać roczny kontrakt z Makhtarem. W trakcie sezonu zawodnik odszedł z zespołu, rozgrywając tylko jedno spotkanie w Scottish Premier League. W sezonie 2007/2008 pozostawał bez przynależności klubowej.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1998/99 Stade Rennais FC B
CFA 1 0 1999/00 Stade Rennais FC B
CFA 12 6 1999/00 Stade Rennais FC
Ligue 1 12 2 2000/01 Stade Rennais FC
Ligue 1 16 2 2001/02 Stade Rennais FC
Ligue 1 11 2 2002/03 Stade Rennais FC
Ligue 1 19 1 2003/04 CS Sedan
Ligue 2 24 1 2004/05 Stade Rennais FC B
CFA 10 1 2005/06 Yverdon-Sport
Challenge League 21 0 2006/07 Rangers F.C.
Scottish Premier League 1 0 2011/12 La Vitréenne FC
CFA 29 0 2012/13 La Vitréenne FC
CFA 2 2 0