Latem 2004 Moussa znów został piłkarzem FC Istres, które awansowało do Ligue 1. Jednak pobyt tego zespołu w ekstraklasie trwał tylko rok i w 2005 roku zajął on ostatnią pozycję. Jesienią 2005 N’Diaye grał w Ligue 2, ale już na zimą 2006 grał w pierwszoligowym AC Ajaccio (debiut: 4 stycznia w przegranym 0:2 wyjazdowym meczu z Lille OSC), z którym przeżył kolejną degradację w karierze.
W 2006 roku N’Diaye przeszedł do AJ Auxerre. W jego barwach zadebiutował 9 września w meczu z AS Monaco (2:1). W Auxerre był jednak tylko rezerwowym i przegrał rywalizację o miejsce w ataku z Ireneuszem Jeleniem, Danielem Niculae, a także Luigim Pieronim. W 2007 roku wyjechał do katarskiego Umm-Salal SC. Następnie grał w klubach senegalskich: ASC Diaraf (mistrzostwo w 2010), AS Douanes, ASC Niarry Tally i US Gorée (mistrzostwo w 2016).
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1997/98 FC Istres Ligue 2 25 7 1998/99 AS Monaco B CFA 11 11 AS Monaco Ligue 1 11 2 1999/00 13 1 2000/01 CS Sedan 29 7 2001/02 15 1 2002/03 27 2 2003/04 Ligue 2 29 10 2004/05 FC Istres Ligue 1 32 6 2005/06 Ligue 2 8 0 AC Ajaccio Ligue 1 17 5 2006/07 AJ Auxerre 15 0 2007/08 Umm-Salal Q-League ? 8 2008/09 7 2 2010 ASC Diaraf Championnat National 3 0 2010/11 AS Douanes ? ? 2011/12 ? ? 2013 ASC Niarry Tally ? ? 2013/14 ? ? 2014/15 ? ? 2015/16 US Gorée ? ? 2016/17 ?