Historia Wadę opisał w 1879 Henri Louis RogerRoger HL. Recherches cliniques sur le communication congénitale des deux coeurs par inocclusion du septum intrerventriculiare. Bulletin de l’Académie de médecine, 1879, série 2,8: 1074-1094, 1189-1191., stąd niekiedy jeszcze używa się dawnej nazwy choroby Rogera – tylko w przypadku małych VSD w części mięśniowej przegrody międzykomorowej (maladie de Roger). Na początku lat 50. XX w. zastosowano leczenie paliatywne polegające na sztucznym zwężeniu pnia tętnicy płucnej zmniejszając w ten sposób przeciek lewo-prawy. Wcześniejsze próby zamknięcia ubytku pod kontrolą wzroku były nieudane. W 1955 Lillehei przeprowadził udaną operację zamknięcia VSD pod kontrolą wzroku w tzw. krążeniu skrzyżowanym.
Obecnie od skonstruowania i zastosowania sztucznego płucoserca operacje zamknięcia VSD przeprowadza się w krążeniu pozaustrojowym z użyciem oksygenatora.