Po zdobyciu Starego Miasta Jordańczycy wyrzucili z zajętej części miasta prawie wszystkich Żydów. Równocześnie starano się zniszczyć wszystkie ślady żydowskiego dziedzictwa w Jerozolimie, wyburzając znaczną część Dzielnicy Żydowskiej z zabytkowymi synagogami. Sprofanowano starożytny cmentarz żydowski na Górze Oliwnej, a nagrobków użyto do budowy dróg i placów. Zniszczone zostały także żydowskie wioski Atarot i Newe Ja’akow, położone na północ od Jerozolimy (po 1967 tereny te stały się dzielnicami miasta). Jednocześnie do Wschodniej Jerozolimy napłynęły tysiące arabskich uchodźców ze zniszczonych arabskich wiosek.
W 1950 Wschodnia Jerozolima razem z Zachodnim Brzegiem zostały włączone w terytorium Jordanii. Jednakże aneksja Zachodniego Brzegu została uznana jedynie przez Wielką Brytanię, która nie zaakceptowała aneksji Wschodniej Jerozolimy. Pod jordańskim panowaniem poważnie zmalało znaczenie miasta, ponieważ utraciło ono powiązania handlowe z wybrzeżem Morza Śródziemnego. Spowodowało to spadek liczby ludności, a wielu kupców i przedsiębiorców przeniosło się do Ammanu. Z drugiej strony Wschodnia Jerozolima pozostawała ważnym ośrodkiem życia religijnego islamu. W 1960 Jordania ogłosiła Wschodnią Jerozolimę swoją drugą stolicą, jednak Stany Zjednoczone i wiele innych państw nie zaakceptowały tego. W latach 60.