Rozwijał działalność konserwatorską, biorąc udział w pracach różnych komisji i instytucji (Komisja Historii Sztuki Akademii Umiejętności, Centralna Komisja do Badania i Zachowania Pomników Sztuki i Historii w Wiedniu, Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa). Prowadził prace konserwatorskie w wielu cennych zabytkach krakowskich (m.in. w kościele i klasztorze dominikanów, kościele Mariackim, Starej Synagodze, a także w katedrze wawelskiej i zamku królewskim na Wawelu) oraz w kościele Świętego Krzyża, kościele św. Piotra i św. Pawła, kościele św. Idziego, kościele św. Wojciecha i w kamienicy Straszewskiej.
Szczególne miejsce w jego pracy konserwatorskiej zajmowała restauracja katedry i zamku na Wawelu. Funkcję pierwszego kierownika tych robót sprawował od sierpnia 1905 do czerwca 1914 roku. Pod kierunkiem Hendla oczyszczono z obmurowań arkadowe krużganki wawelskie oraz przemurowano zwietrzałe fragmenty fundamentów. Ponadto odrestaurowano mury w krużgankach na pierwszym i drugim piętrze, odnowiono fryz w dziedzińcu arkadowym, położono nowy dach o żelaznej konstrukcji nad całym zamkiem, umieszczono nowy hełm na wieży Sobieskiego, odnowiono bramę wjazdową i wykonano nowe obramienia okien I i II piętra na fasadach zewnętrznych.