„wypadkach marcowych” w 1968 roku i kampanii prasowej „feudałowie i wasale”, skierowanej przeciwko profesorom, władze zarządziły likwidację katedr i wprowadzenie struktury instytutowej we wszystkich polskich uczelniach. W tym czasie na Wydziale Chemicznym utworzono trzy instytuty (w skład których weszło 13 zakładów), w wyniku restrukturyzacji w 1979 r. liczba instytutów zmalała do dwóch (z 12 zakładami). Do podziału na katedry powrócono w 1991 r. tworząc 12 katedr.
Wydział chemiczny należał do pierwszych wydziałów Królewskiej Wyższej Szkoły Technicznej w Gdańsku, działających nieprzerwanie w przedwojennej niemieckiej politechnice od momentu jej założenia. Do dziś funkcjonuje w pomieszczeniach, zaprojektowanych specjalnie dla potrzeb kształcenia chemików, od 1904 działają tu laboratoria, zachowało się zabytkowe audytorium, którego oryginalne wyposażenie jest ewenementem na skalę światową.
Wydział Chemiczny jest jedynym wydziałem Politechniki Gdańskiej, który od 1945 nie zmienił nazwy, nie uległ podziałowi ani połączeniu z innymi wydziałami.
Od roku 1945 do 2010 dyplomy absolwentów Wydziału Chemicznego uzyskało przeszło 5000 magistrów inżynierów i ponad 2700 inżynierów. Stopień naukowy doktora nadano 628, a doktora habilitowanego – 102 osobom.