Decyzją Polskiego Związku Koszykówki, w sierpniu 1966 reaktywowano rozgrywki II ligi. Sekcja koszykarska Pogoni Prudnik ponownie znalazła się w gronie zespołów drugoligowych. W tabeli końcowej II ligi na sezon 1966/1967 Pogoń znalazła się na szóstym miejscu wśród dziesięciu zespołów. 17 października 1966 Pogoń uległa po dogrywce Baildonowi Katowice 74:76 w eliminacjach do spartakiady centralnej. W tym samym roku, drużyna juniorów Pogoni zdobyła mistrzostwo Opolszczyzny. Zajęli też drugie miejsce w półfinałach mistrzostw Polski juniorów. W sezonie 1967/1968 koszykarze Pogoni kontynuowali grę w II lidze, w grupie A. Zakończyli sezon na szóstym miejscu w tabeli. Po sezonie 1968/1969, w którym klub zajął ostatnią pozycję w tabeli II ligi, Pogoń została zdegradowana. W tymże roku zdobyła Puchar Okręgowego Związku Koszykówki. Sezon 1969/1970 klub spędził w lidze okręgowej.
Lata 70. W sezonie 1970/1971 utworzono została III liga, nazywana międzywojewódzką. Pogoń Prudnik uzyskała do niej awans, znajdując się w grupie dla 15 drużyn z okręgów rzeszowskiego, krakowskiego, katowickiego i opolskiego. W tabeli końcowej sezonu klub zajął szóste miejsce. Drużyna juniorów młodszych zdobyła tytuł mistrzów Opolszczyzny i uczestniczyła w półfinałach mistrzostw Polski.