Jurij Michajłowicz Kowtun (ros. Юрий Михайлович Ковтун, ur. 5 stycznia 1970 w Azowie) – piłkarz rosyjski grający na pozycji środkowego obrońcy.
Kariera klubowa Kowtun urodził się w mieście Azow. Karierę rozpoczął w zespole Łucz Azow i w 1988 roku zadebiutował w nim w trzeciej lidze ZSRR. W 1989 roku przeniósł się do niedalekiego Rostowa, do klubu SKA Rostów nad Donem, z którym spadł z drugiej ligi do trzeciej. W 1991 roku odszedł z zespołu i zasilił kadrę rywala zza miedzy, Rostsielmaszu Rostów. Przez rok grał w drugiej lidze radzieckiej, a w 1992 roku po podziale ZSRR zaczął z nim występować w rozgrywkach nowo utworzonej Rosyjskiej Premier Ligi. W Rostowie grał do końca roku.
W 1993 roku Kowtun trafił do stolicy Rosji, Moskwy. Został zawodnikiem tamtejszego Dynama. W 1994 roku został z tym klubem wicemistrzem Rosji. Z kolei w 1995 roku sięgnął po swój pierwszy w karierze Puchar Rosji, dzięki wygraniu finału po serii rzutów karnych z Rotorem Wołgograd. W finale krajowego pucharu Kowtun grał jeszcze jeden raz, ale Dynamo przegrywało w nim w 1997 roku z Lokomotiwem Moskwa. W Dynamie grał do końca 1998 roku. Rozegrał 155 spotkań, w których strzelił 5 bramek.