Rządy Davida Hilla w związku były krótkotrwale, w wyniku swoich decyzji o eliminacji grup etnicznych w NSL w latach 90. XX wieku, zbudowała się w opozycji do niego grupa przeciwników zarówno w samym związku piłkarskim jak i społeczności piłkarskiej.
Likwidacja NSL 1999/00–2003/04 W ostatnich pięciu sezonach NSL dominowały drużyny Perth Glory FC i Wollongong Wolves, które dwukrotnie zdobywały mistrzostwo Australii, raz po tytuł sięgnęła drużyna Olympic Sharks.
W 1998 roku Australian Soccer Association podpisała umowę z telewizją Seven Network na transmitowanie spotkań NSL przez okres 10 lat. Seven Network pokazywało mecze ligowe na płatnym kanale C7 Sport. Umowa z telewizją Seven Network doprowadziła do tego, że NSL niemal całkowicie znikła z ekranów co w konsekwencji odbiło się brakiem sponsorów. Sieć Seven Network zerwała umowę z ASA w 2002 roku po tym jak straciła prawa do pokazywania spotkań Australian Football League tym samym zlikwidowała płatny program C7 Sport na którym były pokazywane mecze. Po zakończeniu współpracy z Seven Network, prawa do pokazywania NSL wykupiła telewizja SBS. Brak sponsoringu przyczynił się do pogłębienia problemów finansowych ligi i zlikwidowaniem jej po zakończeniu sezonu 2003–04.