W marcu 2016 został powołany przez marszałka Sejmu Marka Kuchcińskiego na koordynatora Zespołu Ekspertów do Spraw problematyki Trybunału Konstytucyjnego, który otrzymał za zadanie podjęcie kwestii związanych z zaistniałym w 2015 kryzysem wokół TK.
W 2018 w trakcie kryzysu wokół Sądu Najwyższego w Polsce zgłosił swoją kandydaturę na sędziego Izby Dyscyplinarnej Sądu Najwyższego.
19 września 2018 prezydent Andrzej Duda wydał postanowienie o powołaniu go do pełnienia urzędu sędziego Sądu Najwyższego w Izbie Dyscyplinarnej.
Status Jana Majchrowskiego jako sędziego SN był rozpatrywany w toku postępowania prowadzonego w Izbie Pracy i Ubezpieczeń Społecznych SN ze skargi sędzi Moniki Frąckowiak z Poznania kwestionującej legalność wyboru J. Majchrowskiego do SN (z uwagi na przedstawienie jego kandydatury na urząd sędziego przez Krajową Radę Sądownictwa obsadzoną niezgodnie z konstytucją). W ramach tej procedury skład Izby Pracy i Ubezpieczeń Społecznych skierował do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej pytania prejudycjalne o dopuszczalność orzekania w sprawie legalności wyboru osób powołanych do pełnienia urzędu sędziego Sądu Najwyższego.