W 1894 roku został wysłany do pracy duszpasterskiej wśród Polonii w Stanach Zjednoczonych Ameryki. Otrzymał funkcję wikariusza w parafii rzymskokatolickiej św. Jadwigi w Chicago, którą opiekowali się zakonnicy ze zgromadzenia zmartwychwstańców. Nie mógł jednak tam dojść do porozumienia ze swoim przełożonym. W krótkim czasie zaczął działać na rzecz zmian personalnych w placówce i zbierać podpisy pod petycją usunięcia ze stanowiska miejscowego proboszcza, Józefa Barzyńskiego. Śledztwo podjęte na wniosek Antoniego Kozłowskiego przez arcybiskupa Chicago nie wykazało żadnych uchybień na parafii. Pociągnęło jednak za sobą restrykcje wobec samego wikarego - jego odsunięcie od pracy duszpasterskiej, a następnie suspendowanie.
Ksiądz Kozłowski złożył apelację do Delegatury Apostolskiej w Waszyngtonie na decyzję ordynariusza i wyjechał z Chicago do Teksasu. Tam próbował znaleźć dla siebie miejsce. Kary kościelne utrudniały mu jednak otrzymanie od miejscowych biskupów rzymskokatolickich zgody na działalność duszpasterską wśród lokalnej Polonii. W tym czasie w chicagowskiej parafii św. Jadwigi doszło do wystąpienia części wiernych przeciwko ich zdaniem krzywdzącemu zarządzeniu.