Na przełomie września i października struktura organizacyjna Komisji uległa kolejnej zmianie. Powołano 3 komisje: kwalifikacyjną, statutową i organizacyjną. Kierownikiem komisji kwalifikacyjnej został Klaudzij Duż-Duszewski, zaś jej członkami – Zdanowicz, kpt. F. Kuszel i Jackiewicz. W skład komisji statutowej pod kierownictwem kpt. Bondar-Naruszewicza weszli: Pleskaczewski, Brażałowicz, Franciszak Alachnowicz, Bykowski i A. Żdanowicz. Kierownikiem komisji organizacyjnej mianowano płk H. Kanapackiego, zaś jej członkami – A. Gołowińskiego, kpt. Mikołaja Demidowa (zwolnionego z internowania przez władze polskie) i Balickiego.
Formowanie oddziałów Dopiero w listopadzie pod nadzorem Komisji rozpoczęto formowanie białoruskich oddziałów wojskowych u boku armii polskiej. Zgodę na to uzyskano dekretem J. Piłsudskiego z 22 października, który zalegalizował też działalność Białoruskiej Komisji Wojskowej w zaproponowanym przez Białorusinów składzie: P. Alaksiuk, płk H. Kanapacki, S. Rak-Michajłouski, kpt. F. Kuszal, płk D. Jakubouski, J. Muraszka, Antoni Owsianik, Alaksandr Pruszyński, mjr Andrej Jakubiecki. Jako miejsce urzędowania BKW wyznaczył Mińsk, zaś ośrodek formowania białoruskich oddziałów wojskowych – Słonim. Kierownictwo polityczne nad białoruskim wojskiem objęła Białoruska Centralna Rada Wileńszczyzny i Grodzieńszczyzny.