Broniąc tego poglądu wskazuje, że jeśli człowiek nie posiada własnego intelektu czynnego, nie jest możliwa nieśmiertelność jego duszy. Koncepcją tą uwolnił Filopon filozofię chrześcijańską od doktryny Aleksandra z Afrodyzji, który głosił jedność intelektu czynnego, wspólnego wszystkim ludziom i znajdującego się poza nimi. Jego spór z Symplicjuszem stał się zapowiedzią późniejszego sporu Tomasza z Akwinu z Awerroesem i jeszcze późniejszego Clemensa Brentany z Eduardem Zellerem.

Kosmologia W Przeciw Proklosowi Filopon odrzuca Arystotelesowską doktrynę piątej esencji i argumentuje za skończonością świata. Arystoteles uważał substancję, z której powstały ciała niebieskie za niezmienną, podobnie jak i ruch planet. Uważał, że ruch ten przebiega po okręgach i nie on ma udziału w ruchu znajdującej się pośrodku wszechświata ziemi. Filopon na podstawie obserwacji astronomicznych twierdził, że ruchy gwiazd nie są okrężne w prosty sposób, ale specyficzne dla każdego ciała niebieskiego. Pozostają w opozycji i sprzeczności jedne względem drugich. Są więc ruchami tego samego rodzaju, co ruchy w świecie podksiężycowym, ziemskim. Sprzeciwiając się Arystotelejsko-Ptolemejskiej wizji świata niebieskiego Filopon twierdził, że jest on mieszaniną czterech elementów (głównie wody i skrystalizowanego powietrza).