1990-1999 Przemiany gospodarcze przełomu lat 80. i 90. XX wieku wpłynęły negatywnie na kondycję finansową kopalni. Z powodu braku środków finansowych wstrzymano prace nad udostępnieniem nowych złóż na głębokości 910 metrów, których wydobycie miało zapewnić kopalni istnienie do 2030 r. Dalsze ograniczenia kosztów funkcjonowania zakładu osiągnięto m.in. przez likwidację pracowniczych przewozów autobusowych, wynajęcie klubu „Gwarek” prywatnej spółce czy przekształcenie hotelu pracowniczego nr 1 w ogólnodostępny hotel „Zagłębiak”. W styczniu 1990 r. załoga kopalni, wraz z górnikami z KWK „Czerwone Zagłębie”, zorganizowała trwający ponad tydzień strajk, domagając się podwyżki płac, zwolnienia dotychczasowej dyrekcji i ograniczenia liczby miejsc pracy w administracji zakładu. 1 lipca 1993 r. – kopalnia przeszła pod zarząd Katowickiego Holdingu Węglowego S.A. w Katowicach Wrzesień 1996 r. – kopalnia zostaje przekształcona w jednoosobową spółkę ze 100% udziałem KHW S.A. pod nazwą KWK „Niwka-Modrzejów” Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością. 23 lutego – 24 lutego 1998 r. wypadek w wyniku którego poniosło śmierć 6 górników. Penetracja nieużywanego wyrobiska, tzw. „cicha akcja” mająca na celu zbadanie starego wyrobiska. 1998 r. – podjęto decyzję o likwidacji kopalni. 7 kwietnia 1999 r.