Podczas wojny trzydziestoletniej w 1624 i 1627, przez miasto przetaczały się armie obu walczących stron. W roku 1643 wojska cesarskie zdobyły i kompletnie splądrowały Trzebiatów. Po podpisaniu pokoju westfalskiego w 1648 roku miasto na prawie sto lat znalazło się w granicach Brandenburgii. W XVII wieku miasto nawiedziła fala pożarów. Największe miały miejsce w roku 1631, i 1679. Zniszczyły one miasto prawie doszczętnie. Spalony został m.in. ratusz, dwór książęcy i cegielnię. .