Pierwotnie głównym udziałowcem klubu była federacja Soccer New South Wales. Po przyznaniu licencji dla klubu Sydney FC udział federacji stanowej w klubie został ograniczony z 100% do 25%. Ponadto przewodniczący FFA Frank Lowy wymusił na klubie przeniesienie się do wschodniej części Sydney oraz rozgrywania domowych spotkań na obiekcie Sydney Football Stadium. Początkowo klub miał rozgrywać domowe spotkania na obiekcie Parramatta Stadium. Dodatkowo syn Franka Lowy'a, David Lowy został mianowany na głównego inwestora w klubie. W związku z zaistniałą sytuacją Soccer New South Wales podjęła decyzję o wycofaniu się z klubu Sydney FC. Argumentując swoją decyzję, że klub stał się zabawką dla Franka Lowy i jego rodziny. Ponadto federacja Football NSW wyraziła niechęć do autokratycznego podejścia przewodniczącego Franka Lowy'a w procesie tworzenia klubu oraz braku konsultacji w kluczowych kwestiach dla klubu.