Po napaści Niemiec na ZSRR został razem z całym personelem archiwum ewakuowany początkowo do Kijowa, a później do Uzbekistanu. Tam w obwodzie saratowskim podjął pracę jako nauczyciel. Po pewnym czasie został dyrektorem Polskiego Domu Dziecka w osiedlu Chanaka koło Stalinabadu (Duszanbe) w Tadżykistanie. W tym czasie wstąpił do Związku Patriotów Polskich.
Po zakończeniu wojny Maurycy Horn powrócił do Lwowa, gdzie przez pięć lat pracował jako zastępca dyrektora w filii Centralnego Państwowego Archiwum Historycznego Ukrainy. W tym czasie przygotowywał rozprawę doktorską, którą obronił w czerwcu 1948 roku w Instytucie Pedagogicznym im. Aleksandra Hercena w Leningradzie. Następnie rozpoczął pracę dydaktyczną w uczelniach lwowskich, m.in. przez niecały rok na Uniwersytecie im. Iwana Franki we Lwowie. Publikował w tym czasie wiele artykułów w czasopismach naukowych rosyjskich i ukraińskich na tematy historii średniowiecznej i nowożytnej.