– piłkarz japoński grający na pozycji środkowego obrońcy.
Kariera klubowa Matsuda ukończył w 1994 r. Maebashi Ikuei High School i w niej też po raz pierwszy zetknął się z piłką nożną, grając na poziomie szkolnym.
W 1995 r. podjął treningi w zespole Yokohama F. Marinos i został włączony do kadry pierwszego zespołu. 18 marca 1995 r. zadebiutował w J-League w spotkaniu z Kashimą Antlers. Pierwszego gola w historii występów w lidze japońskiej zawodnik zdobył 30 września tego samego roku w meczu z Nagoya Grampus.
Od czasu debiutu w J-League stał się podstawowym zawodnikiem klubu z Jokohamy. W swoim pierwszym sezonie został mistrzem Japonii, a w kolejnych dwóch zakończył rozgrywki na 3. pozycji w J-League. Kolejny sukces z zespołem Marinos Matsuda osiągnął w 2000 r., gdy został mistrzem pierwszej fazy, a w ostateczności wicemistrzem Japonii na jesieni. Trafił też do Jedenastki Sezonu J-League.
W 2002 r. Jokohama znów była druga w lidze (Matsuda znów był w najlepszej drużynie roku), a w 2003 r. wywalczyła swoje drugie mistrzostwo w historii. Rok później obroniła tytuł mistrzowski. W sezonie 2007 Naoki stracił miejsce w składzie i został rezerwowym zespołu Marinos.