Od września 1939 uczestniczyła w polskim ruchu oporu, pełniąc od października rolę tajnej kurierki komórki „Zagroda” Oddziału Łączności Konspiracyjnej KG SZP-ZWZ do bazy „Romek” w Budapeszcie, przenosząc pocztę i przeprowadzając szlakiem górskim ludzi. Została schwytana w marcu 1940 przez żandarmerię słowacką i przekazana w ręce Gestapo. Była więziona w Muszynie, Nowym Sączu, w zakopiańskiej siedzibie gestapo „Palace”, w Tarnowie i w Krakowie na Montelupich. Torturowana wielokrotnie, nie zdradziła żadnej z tajnych informacji, jednakże gestapo znalazło w jej bagażu list w języku węgierskim i po wielu miesiącach skojarzyło to z osobą Stefanii Hanauskówny.
12 września 1941 rozstrzelano ją w Pogórskiej Woli koło Tarnowa (według innej wersji rozstrzelana 23 lipca 1941 roku w lesie Kruk w Skrzyszowie wraz z Janiną Bednarską i Stefanią Hanauskówną oraz innymi 3 kobietami).
Po ekshumowaniu jej szczątki uroczyście pochowano 27 listopada 1958 na Cmentarzu Zasłużonych na Pęksowym Brzyzku w Zakopanem (kw. P-I-13) śp. Helena Marusarz..