Rzeczywiste miejsce upadku znajdowało się 65,6 km od zakładanego i 135 km od sejsmometru. Systemy statku funkcjonowały prawidłowo do 55 godz. 53 min. i 20 sekundy lotu.
Przedwczesne wyłączenie centralnego silnika drugiego członu spowodowało niebezpieczne wzdłużne drgania, które mogły rozerwać drugi człon na strzępy. Silnik doznał przeciążeń 68 g w formie wibracji o częstotliwości 14–16 Hz, co spowodowało wygięcie konstrukcji silnika o 76 mm. Słabsze wibracje wzdłużne były obserwowane już we wcześniejszych lotach rakiet Titan i Saturn, a szczególnie w misji Apollo 6, lecz w misji Apollo 13 zjawisko wystąpiło we wzmocnionej formie poprzez interakcję silników rakietowych z konstrukcją statku kosmicznego w zjawisku nazywanym kawitacją. W późniejszych misjach wprowadzono modyfikacje przeciwko wibracjom wzdłużnym, które opracowywane były już wcześniej, m.in. dodatkowy zbiornik ciekłego helu do centralnego silnika, instalacja ciekłego tlenu do tłumienia drgań silnika rakietowego, dodatkowe automatyczne odcinanie mocy, i uproszczenie konstrukcji zaworów paliwowych we wszystkich silnikach II członu rakiety Saturn V.