Wprowadzając własny pocisk do systemu Patriot (PAC-3 Conf. 3), Lockheed Martin wprowadził również wiele unowocześnień do całego systemu. Modernizacja części naziemnej objęła m.in. wprowadzenie nowoczesnego kanistra z pociskami, nowego komputerowego systemu zarządzania ogniem oraz nowych systemów elektronicznych wyrzutni (Enhanced Launcher Electronics System – ELES) wraz z oprogramowaniem. Każdy element modernizacji testowany był z osobna, a następnie w ramach całego zintegrowanego systemu. System ten nigdy nie otrzymał kodu MIM-104, a więc kod ten nie odnosi się do PAC-3. Patriot PAC-3 występował dotychczas w trzech konfiguracjach:
PAC-3 Configuration 1
Wszedł do służby w 1995 roku, wprowadzając duże zmiany do ECS, a także nowy procesor radaru dopplerowskiego.
PAC-3 Configuration 2
Wprowadzony w 1996 r., jest kompatybilny z Link 16 JTIDS (Joint Tactical Information Distribution System) oraz wprowadza istotne zmiany radaru zwiększające jego możliwości w zakresie pracy przeciwko celom low-RCS (obniżonej bądź niewielkiej sygnaturze radarowej) oraz pociskom antyradarowym, a także umożliwia obróbkę danych pochodzących z zewnętrznych źródeł wywiadowczych.
Obydwie konfiguracje systemu przerodziły się wkrótce w zastąpione przez najnowszą konfiguracje trzecią i ta stała się podstawą dalszego rozwoju systemu.