W 1471 r., w księdze gospodarczo-rachunkowej należącej do parafii, zapisano jeden ze średniowiecznych polskich cyzjojanów – tzw. cyzjojan kłobucki. W 1476 r., Jan Długosz ufundował tutaj zespół klasztorny kanoników regularnych. Kościół jest połączony z klasztorem za pomocą przejścia nad bramą.
Dzieje współczesne W 2006 r. narodził się pomysł otwarcia przy kościele Muzeum Jana Długosza, który jednak do tej pory nie doczekał się realizacji. 11 lipca 2011 r., w trakcie porannej mszy, w wieżę kościoła uderzył piorun powodując pożar jej wyższej, drewnianej części. Pożar nie wyrządził większych szkód ze względu na szybką reakcję straży pożarnej.
Sanktuarium Matki Bożej Kłobuckiej Kościół pełni też funkcję sanktuarium maryjnego, związanego z kultem Matki Bożej Kłobuckiej, czczonej jako Niepokalana Ucieczka Grzeszników. W lewym bocznym ołtarzu znajduje się łaskami słynący obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem, datowany prawdopodobnie na XIV wiek i wzmiankowany już w XV stuleciu. Wizerunek przedstawia Maryję trzymającą Jezusa na lewej ręce, który prawą dłonią udziela błogosławieństwa.