W I turze zdobył 46,1%, a w II 61,3%, pokonując Andrzeja Jaworskiego (PiS). Objął ponadto w międzyczasie funkcje przewodniczącego rad nadzorczych Zarządu Morskiego Portu Gdańsk oraz Gdańskiego Przedsiębiorstwa Energetyki Cieplnej. Był członkiem Stowarzyszenia Pracowników, Współpracowników i Przyjaciół Rozgłośni Polskiej Radia Wolna Europa Imienia Jana Nowaka-Jeziorańskiego w Warszawie, Zrzeszenia Kaszubsko-Pomorskiego oraz od 2011 Komitetu Regionów. Został członkiem organu nadzorczego Fundacji Kolegium Europy Wschodniej im. Jana Nowaka-Jeziorańskiego we Wrocławiu, Fundacji Centrum Solidarności oraz Fundacji Rozwoju Uniwersytetu Gdańskiego. W latach 2007–2015 był prezesem zarządu Unii Metropolii Polskich, a następnie zasiadał w zarządzie tej organizacji. W 2011 był inicjatorem powołania Stowarzyszenia Gdański Obszar Metropolitarny. mały|Paweł Adamowicz jako prezydent Gdańska, założony bursztynowy łańcuch urzędowy (2010) W 2016 poparł wprowadzenie w Gdańsku Miejskiego Modelu Integracji Imigrantów, wychodząc naprzeciw kryzysowi migracyjnemu pomimo antyimigranckich postaw i komentarzy części swoich oponentów. W następnym roku podpisał wraz z prezydentami jedenastu innych polskich miast deklarację o współdziałaniu w obszarze migracji wewnętrznych i zewnętrznych.