Paweł Adamowicz jako prezydent Gdańska niejednokrotnie spierał się z polityką rządzącej partii Prawo i Sprawiedliwość. Głównym przedmiotem sporu stały się obchody rocznicy wybuchu II wojny światowej na Westerplatte oraz udział Wojska Polskiego w tych uroczystościach. Paweł Adamowicz podkreślał, że apel poległych powinni odczytywać harcerki i harcerze oraz był przeciwny odczytywania podczas uroczystości apelu smoleńskiego. W 2018 udział Wojska Polskiego w obchodach rocznicowych stanął pod znakiem zapytania. Ministerstwo Obrony Narodowej zarzuciło wówczas Adamowiczowi kłamstwo, oświadczając, że wojsko nie zostało zaproszone na uroczystości na Westerplatte. Ostatecznie udało się dojść do porozumienia. Prezydent Gdańska sprzeciwiał się też idei połączenia Muzeum II Wojny Światowej z Muzeum Westerplatte i domagał się przywrócenia flag Gdańska i Unii Europejskiej na maszty przed Muzeum, gdy zostały one zdjęte przez nowego dyrektora.