Wkrótce Godzilla przybywa do Tokio. Władze miasta i wojsko są postawione w stan gotowości, a tokijczycy się ewakuują. Hiroshi z doktorem Minami nadzoruje prace na wulkanie Mihara. Godzilla atakuje wpierw radziecki okręt Bałaszewo, na którym znajdują się urządzenia sterujące satelitą z bronią jądrową na orbicie. W wyniku uszkodzenia statku uruchamia się automatycznie system konsoli rakiet. Widząc to dowódca okrętu – płk Kaszyrin za wszelką cenę chce wyłączyć urządzenie, jednak ginie. Godzilla niszczy na swej drodze Tokio, powodując niszczenia i zmuszając mieszkańców dystryktów miasta do ewakuacji. Jedynie cieszy się pewien bezdomny, gdyż może bezkarnie szabrować jedzenie z luksusowej restauracji.
W Tokio profesor Hayashida, Goro i Naoko pracują nad urządzeniem imitującego zmysł kierowania u migrujących ptaków. Widząc w pobliżu Godzillę wypróbowują urządzenie. Eksperyment się powiódł i czekają na helikopter. Nagle potwór zostaje trafiony laserem z armaty laserowej. Godzilla chcąc atakować przypadkiem uderza w budynek ogonem, przez co trójka bohaterów nie może się z niego wydostać. Rząd decyduje się użyć latającej fortecy Super-X, stworzonej w sekrecie na wypadek zagrożenia stolicy.