Biuro Studiów, a także podległe mu Inspektoraty II, rozpracowywało czołowych działaczy podziemia, skupiało też w swoich rękach najcenniejszą agenturę, którą często przejęto z innych pionów operacyjnych SB. W związku z tym Biuro Studiów wyposażono w wiele szczególnych, i prawdopodobnie nieujętych do końca w dokumentach normatywnych, uprawnieńSławomir Cenckiewicz, Piotr Gontarczyk: SB a Lech Wałęsa. Przyczynek do biografii, IPN Warszawa 2008, s. 138. Przykładowo, agenturę Biura Studiów i Inspektoratów II w ewidencji Biura „C” rejestrowano także jako „zabezpieczenia” lub osoby rozpracowywane, czyli figurantów. Biuro Studiów konspirowało też część swoich działań przed innymi pionami SB, udzielając im fałszywych informacji. W ramach tzw. korespondencji koordynacyjnej, na pytanie o cennego TW zarówno Biuro Studiów, jak i Inspektoraty II odpowiadały często, że dana osoba jest rozpracowywana (figurant) lub też w ogóle nie znajduje się w ich zainteresowaniu. Tuż przed upadkiem systemu, w 1989, Inspektoraty II zostały połączone z dawnymi Wydziałami IV WUSW zajmującymi się zwalczaniem Kościoła katolickiego. Powstał wówczas Departament Studiów i Analiz (w centrali) i Wydziały Studiów i Analiz (na szczeblu województw).