W przypadku podawania atazanawiru ze środkami zobojętniającymi sok żołądkowy, w tym lekami zawierającymi bufory, zwiększenie pH soku żołądkowego może spowodować zmniejszenie stężenia atazanawiru w osoczu. Atazanawir hamuje enzym UGT i może wpływać na metabolizm irynotekanu, powodując nasilenie jego działań toksycznych. Metabolizm simwastatyny i lowastatyny jest w dużym stopniu uzależniony od CYP3A4 i równocześnie stosowanie tych substancji z atazanawirem może powodować zwiększenie ich stężenia. Nie zaleca się ich równoczesnego stosowania ze względu na zwiększone ryzyko wystąpienia miopatii, w tym rabdomiolizy. Należy zachować ostrożność w przypadku jednoczesnego stosowania z antagonistami receptora histaminowego H2, inhibitorami pompy protonowej i innych preparatów zmniejszających wydzielanie soku żołądkowego. Należy unikać jednoczesnego podawania atazanawiru z doustnymi lekami antykoncepcyjnymi i rozważyć inne skuteczne metody antykoncepcji. Sildenafil jest metabolizowany przez CYP3A4 – równoczesne podawanie może powodować zwiększenie stężenia sildenafilu i zwiększenie ilości zdarzeń niepożądanych, w tym obniżenia ciśnienia krwi, zaburzeń widzenia i priapizmu.