Dopiero z dniem 23 marca 1954 rozkazem nr 273, Anatol Fejgin został przeniesiony do rezerwy.
Został zawieszony w funkcji 5 grudnia 1953 po ucieczce na Zachód pułkownika Światły, następnie zwolniony z MBP 10 lutego 1954 i usunięty z partii. W 1955 został aresztowany i następnie w dniu 11 listopada 1957 skazany na karę 12 lat więzienia za stosowanie niedozwolonych metod przesłuchań i łamanie prawa w procedurze zatrzymań. Zarzuty obejmowały bezprawne pozbawienie wolności i spowodowanie szczególnego udręczenia co najmniej 28 osób, w okresie od 1950 do 1953, w tym polecanie podległym funkcjonariuszom stosowania wobec niektórych z tych osób przymusu fizycznego i psychicznego. Zarzuty zostały postawione przez Władysława Gomułkę i innych członków Komitetu Centralnego partii, których Fejgin na zmianę z Różańskim osobiście przesłuchiwali. Został zwolniony z więzienia w 1964 na skutek ułaskawienia.
W 1966 rozpoczął pracę w Instytucie Badań Jądrowych, w Biurze Konstrukcyjnym na Służewcu zatrudniony tam w dziale księgowości przez Wilhelma Billiga – Pełnomocnika Rządu do Spraw Wykorzystania Energii Jądrowej. Gdy Billiga oskarżono o szpiegostwo na rzecz Zachodu, wykorzystując czystki antysemickie w 1968, ministra odwołano a Fejgina zwolniono z pracy.