Cetnarowi jako częściowy ekwiwalent za zabrane Nadwórne. thumb|upright|Historyczny herb Mościsk W XV i XVI wieku Mościska kilkakrotnie były niszczone przez najeźdźców: Wołochów w 1498 r., Turków i Tatarów w 1524 r. Najazdy spowodowały zubożenie miejscowej ludności. Aby ulżyć doli mieszkańców królowie zwalniali często mieszczan od podatków. Np. w XVI w. zostali oni zwolnieni z płacenia myta na terenie całego Królestwa Polskiego, co znacznie poprawiło sytuację materialną miasta.
Okres zaborów Po I rozbiorze Polski Mościska znalazły się pod zaborem austriackim. Od 1782 r. należały do cyrkułu przemyskiego.
W trakcie XVIII w. miasto rozwinęło się zwłaszcza jako ośrodek handlowy. Z końcem tego stulecia notował Ewaryst Andrzej, hr. Kuropatnicki w swym Opisaniu królestw Galicyi i Lodomeryi: „Mościska. Miasto osadne, sławne jarmarkami na płótna, lny, przędze, bogatym probostwem z ogrodem i kościołem farnym”Ewaryst Andrzej Kuropatnicki: Geografia albo dokładne opisanie królestw Galicyi i Lodomeryi, Przemyśl 1786, s. 36. W tym czasie społeczność Mościsk liczyła 2240 mieszkańców, w tym 1300 łacinników, 240 grekokatolików i 700 żydów. Na początku XX w. liczba ludności wzrosła o połowę do 4590 osób: 2100 izraelitów, 2000 rzymskich katolików i 490 grekokatolików.