Współpracownik Weizsäckera wyraził się o nim później w następujący sposób: „Jego raporty i dokumenty przekazywane do Berlina były pełne kłamstw”. Aby wesprzeć papieża i uniknąć antyniemieckich nastrojów we Włoszech, Weizsäcker w swoich raportach do Berlina celowo przedstawiał papieża Piusa XII jako łagodnego, niezdecydowanego dyplomatę i poczciwego kapłana. Podobnie jak dowodzący armią Waffen SS generał Karl Wolff, Weizsäcker otwarcie sprzeciwiał się hitlerowskiemu planowi okupacji Watykanu. Weizsäcker obawiał się, że wówczas papież mógłby zostać zastrzelony. Dokumenty z Sekretariatu Stanu zawierają treść rozmowy Weizsäckera z wielebnym Ottonem Fallerem na temat programu ewakuacji Watykanu, w czasie której Weizsäcker skrytykował papieską gazetę Osservatore Romano za protesty przeciw penetracji przez nazistów Kościoła i Konwentu św. Pawła. Oskarżył też katolickie instytucje o gromadzenie wędlin oraz innych produktów spożywczych kosztem ludu. Niemiecki ambasador zakwestionował prawo Watykanu do udzielania azylu tysiącom ludzi w Rzymie. Weizsäcker zagroził wojskowym odwetem oraz całkowitą wojskową inwigilacją nie tylko wobec samego Watykanu, ale także wobec wielu zewnętrznych kościołów, katolickich instytucji oraz innych organizacji, ukrywających Żydów, socjalistów, zagranicznych i rodzimych antyfaszystowskich uchodźców.