Pod koniec września 1838 Darwin zaczął czytać 6. wydanie Essay on the Principle of Population Malthusa, co przypomniało mu o statystycznym dowodzie, według którego ludzkie populacje rozmnażają się ponad możliwości ich środowiska i muszą konkurować ze sobą by przeżyć; sam miał właśnie zastosować te spostrzeżenia w odniesieniu do populacji gatunków zwierzęcych. W grudniu 1838 Darwin zapisał dostrzeżone przez siebie podobieństwo między selekcją potomstwa przez hodowców a maltuzjańską naturą selekcjonującą zmienności na drodze losowej: oba prowadzą do tego, że „każda część nabytej struktury jest w pełni funkcjonalna i doskonała”. Zapisał wtedy, że uważa to za „najpiękniejszą część teorii”.
Pierwsze szkice Darwin był w pełni świadom konsekwencji swojej teorii na pochodzenie ludzkości, także tego, że może zagrozić jego dalszej karierze i renomie wybitnego geologa, przez oskarżenie o bluźnierstwo. Pracował w ukryciu, rozważając wszystkie zarzuty i dowody na poparcie przygotowywanej teorii. W styczniu 1842 wysłał wstępny szkic do Lyella, wówczas w podróży po Ameryce.