271–272..
mały|200px|Grób Jakuba Bermana na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie 16 maja 1945 powołany na stanowisko podsekretarza stanu w Prezydium Rady Ministrów, które pełniło funkcję nadrzędną wobec całego rządu. Funkcję sprawował nieprzerwanie do listopada 1952Anna Sobór-Świderska, Jakub Berman. Biografia komunisty, wyd. Instytut Pamięci Narodowej, Warszawa 2009, , s. 160.. Było to w tym okresie jego jedyne oficjalne stanowisko państwowe. Od listopada 1952 do lutego 1954 był członkiem Prezydium Rady Ministrów, a następnie w latach 1954–1956 wicepremierem. W listopadzie 1949 został członkiem Ogólnokrajowego Komitetu Obchodu 70-lecia urodzin Józefa StalinaŻycie Warszawy, nr 306 (1808), 6 listopada 1949, s. 1..
W latach 1949–1954 był członkiem Komisji Biura Politycznego KC PZPR ds. Bezpieczeństwa Publicznego, nadzorującej aparat represji stalinowskich w Polsce, współodpowiedzialny za represyjną działalność Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego. W drugiej połowie lat 40. XX wieku umocnił swoją pozycję w kraju, stanowiąc wraz z Bolesławem Bierutem i Hilarym Mincem trójkę stanowiącą najściślejsze kierownictwo PZPR. Bez zajmowania eksponowanych stanowisk kierował ideologią partii komunistycznej oraz aparatem represji. Był uważany za tzw. szarą eminencję.