W latach 1376–1377 Henryk VI popadł w ostry konflikt z klasztorem żagańskim, którego dobra podobnie jak jego ojciec traktował jako bogate źródła dochodów dla skarbca książęcego. W 1378 roku księstwo zostało podzielone na trzy części pomiędzy braci. Henrykowi VI jako najstarszemu przypadła najważniejsza północna część ze stolicą w Żaganiu. W skład jego posiadłości weszły też: Krosno Odrzańskie, Nowogród Bobrzański i Świebodzin (Henryk VI używał tytułu pana Żagania i Lubina).

W 1383 wraz z młodszym bratem, Henrykiem VII, podjął bezskuteczną próbę odzyskania zajętej przez Polskę za czasów Kazimierza Wielkiego Wschowy. Wkrótce po podziale księstwa aktywność życiowa i udział w życiu politycznym Śląska Henryka VI wyraźnie uległy zawężeniu.

W 1371 lub 1372 Henryk VI ożenił się z córką księcia legnickiego Wacława I Jadwigą. Małżeństwo to nie było zbyt udane, zaś przedwczesna śmierć jedynego dziecka tej pary (nieznanego imienia) zakończyła się separacją (Jadwiga pozostała wtedy w Żaganiu, zaś Henryk za rezydencję obrał sobie Krosno Odrzańskie). Pomimo tych niesnasek Henryk zapisał żonie jako oprawę wdowią całość rządzonego przez siebie księstwa.

Henryk VI podczas pobytu na zamku w Krośnie oddawał się głównie kontemplacji i ascezie.