Otrzymali również tytuł "Vecindad", uprawniający do stałego zameldowania i zamieszkania na Teneryfie. Jako dziecko José pobierał nauki u dominikanów. Już w wieku siedmiu lat doskonale potrafił operować językiem łacińskim. Odznaczał się wysokimi zdolnościami intelektualnymi, pobożnością i niezwykłą pamięcią. Nauki na uniwersytecie pobierał od czternastego roku życia w założonym przez Jana III w mieście Coimbra, Royal College of Arts (Kolegium Sztuk). Zdecydowano się na wybór uniwersytetu w Portugalii, a nie rodzimej Hiszpanii ze względu na żydowskie pochodzenie matki, co w tamtym czasie mogło być przeszkodą, dlatego wraz z bratem Pedrem Nunesem skierowani zostali do sławnego uniwersytetu w Coimbrze. Pedro studiował Prawo Kościelne, które ukończył w 1550 roku. José studiował przez trzy lata retorykę, a na czwartym roku rozpoczął studia humanistyczne (ze szczególnym uwzględnieniem filozofii) w Akademii Artystycznej. Miał szczególne predyspozycje do nauki języków obcych, w czasie studiów znał już język łaciński, hiszpański i portugalski w mowie i gramatyce. Interesował się publikacjami misjonarzy z Nowego Świata. Od jezuitów otrzymywał listy misjonarzy, m.in. o. Franciszka Ksawerego, o. Manuela da Nobrega, którzy jako pierwsi opisywali nowe ziemie i ich mieszkańców.