W opinii Carlosa C. Damaglio jezuici nie stosowali przymusu katechizacji. W 1560 roku rozpoczęła się walka o Rio, zakończona pięć lat później traktatem pokojowym z plemieniem Tomoyos w Iperoig oraz zwycięstwem nad Francuzami. W tym samym roku Anchieta buduje drogę łączącą wybrzeże z Kolegium São Paulo, zwaną "Drogą ojca Jose'go" (istnieje do dzisiaj, aktualnie nosi nazwę Via Anchieta). W 1563 roku zostaje uwięziony w Iperoig. W 1565 roku uczestniczył w misji Estacio de Sa, która założyła miasto Rio de Janeiro, a następnie udał się do Bahia. 31 marca 1565 roku otrzymał święcenia kapłańskie z rąk biskupa Don Pedro Leitao w Bahii. Po półtora rocznej nauce uzupełnia przerwane studia. Buduje pierwszy teatr posiadający aparaturę do efektów specjalnych. Po zwycięstwie katolików w Rio de Janeiro powstała druga fundacja tego miasta o nazwie "São Sebastiao do Rio de Janeiro". W latach 1567–1578 Anchieta pracował jako przeor domu São Vicente, rektor w tej osadzie oraz w São Paulo i Santos e Guarulhos. W 1567 roku umarł jego przyjaciel gen. Estacio de Sa, zraniony w twarz przez indiańską zatrutą strzałkę.