Organizacja miała wdrażać „solidarność intelektualną i moralną ludzkości”, aby zapobiec trzeciej wojnie światowej. Trudna sytuacja międzynarodowa (zimna wojna, dekolonizacja) oraz bardzo szeroki mandat wpłynęły negatywnie na efektywność organizacji. Niektóre państwa prowadziły też w łonie UNESCO kampanie „antyimperialistyczne”. Z tego względu w grudniu 1984 wycofały się z organizacji Stany Zjednoczone, a w rok później także Wielka Brytania, w wyniku czego utraciła ona trzecią część swego budżetu.
W wyniku przeprowadzonych reform, UNESCO powróciła do jednego ze swych podstawowych zadań, tj. promocji wolności słowa na świecie. W 1997 UNESCO przyznała po raz pierwszy światową nagrodę wolności prasy (World Press Freedom Prize); otrzymała ją chińska dziennikarka, Gao Yu. Także w 1997 Wielka Brytania powróciła na łono organizacji. W 2003 Stany Zjednoczone, doceniając przeprowadzone reformy w funkcjonowaniu struktur organizacji, porzuciły status obserwatora i ponownie zostały członkiem UNESCO.
W latach 2011–2018 UNESCO zrzeszało 196 państw. Od 1 stycznia 2019, po wystąpieniu Izraela i Stanów Zjednoczonych, zrzesza 193. Funkcję sekretarza generalnego Polskiego Komitetu ds. UNESCO sprawuje dr Alicja Jagielska-Burduk, a przewodniczącym jest prof. Michał KleiberPolski Komitet ds.