Kiedy Bunyan nie mógł znaleźć wydawcy dla dzieła swego życia – Wędrówki pielgrzyma, Owen namówił swego wydawcę do opublikowania pierwszej edycji tej powieści-alegorii.
W tym okresie Owen pisał wiele pism polemicznych, apologetycznych oraz dzieła swego życia: monumentalny komentarz do Listu do Hebrajczyków oraz traktat o Duchu Świętym. Jest to jego bardzo ważne dzieło, stanowiące rozwinięcie i podsumowanie wielkich zasad Reformacji w zakresie roli i działania Ducha Świętego w życiu człowieka. Owen w swym traktacie opisuje i wyjaśnia w całej pełni rolę i dzieło Ducha Świętego w życiu chrześcijanina: pokuty, odrodzenia, usprawiedliwienia i uświęcenia.
Ostatnie lata Owen pełnił swą posługę duszpasterską do końca – pomimo trapiących go dolegliwości. W swym ostatnim liście z sierpnia 1683 r. pokazuje swą miłość do Chrystusa:
“Idę do Tego, którego ukochała moja dusza, albo raczej Tego, który ukochał mnie miłością wieczną. I to jest dla mnie wystarczająca podstawa wszelkiej pociechy. ... Zostawiam łódź Kościoła w wielkiej burzy, skoro jednak jest w niej Wielki Pilot, odejście biednego wioślarza nie będzie miało znaczenia”.
Zmarł 24 sierpnia 1683 r. Jego grób znajduje się na londyńskim cmentarzu Bunhill Fields – „nekropolii purytanów”.