Od roku 1361 w ich rękach znajduje się również oddalona o kilkadziesiąt metrów Grota Pojmania – Grota Getsemani, od której nazwę przyjęła cała okolica.
Bazylika Agonii zwana również bazyliką Narodów, ze względu na pochodzenie donacji z różnych stron świata, dzięki którym franciszkanie zdołali ukończyć świątynię, wznosi się na planie starożytnej bazyliki bizantyjskiej, o której można odnaleźć informacje u hiszpańskiej pątniczki Egerii z 380 roku Z tej antycznej budowli zachowały się oprócz fundamentów fragmenty mozaikowej posadzki. W apsydzie nowej świątyni znajduje się dzisiaj mozaika przedstawiająca modlitwę Chrystusa w ogrodzie Oliwnym. Po bokach dwie inne mozaiki ufundowane przez Irlandczyków i stacjonujących w Palestynie w czasie II wojny światowej żołnierzy polskich. Jedna przedstawia pocałunek Judasza (Mk 14,45), druga zaś scenę pojmania Jezusa. Wokół bazyliki rosną zabytkowe drzewa oliwne, uważane przez pielgrzymów za niemych świadków wydarzeń ewangelicznych.