Pierwotnie planowano, że budowa centralnego odcinka II linii zakończy się w październiku 2013, jednak prace opóźniły się m.in. z powodu zalania terenu budowy stacji Centrum Nauki Kopernik. W sierpniu 2012 budowniczowie podczas prac natrafili na ciek wodny, teren budowy stacji został zalany, zamknięto tunel Wisłostrady, a prace naprawcze trwały prawie rok, do czerwca 2013. Oficjalnie budowa zakończyła się 30 września 2014, a 6-kilometrowy odcinek II linii Rondo Daszyńskiego – Dw. Wileński został otwarty 8 marca 2015. Kolejny odcinek II linii metra od stacji Dworzec Wileński do stacji Trocka został oddany do użytku 15 września 2019. 4 kwietnia 2020 otwarty został odcinek od stacji Rondo Daszyńskiego do stacji Księcia Janusza. 30 czerwca 2022 otwarto stacje Ulrychów i Bemowo. 28 września 2022 otwarte zostały kolejne trzy stacje: Zacisze, Kondratowicza i Bródno.