Jest pochowany na terenie obecnego Polskiego Cmentarza Wojennego w Katyniu, gdzie w 1943 jego ciało zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 1086 (przy zwłokach zostały odnalezione pismo ze Szpitala Wojskowego 504, dyplom naukowy, legitymacja oficerska, wieczne pióro, wizytówki okulary, odznaka pułkowa, spinka mankietowa). Pochowany na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie (pas 58, narożnik płd.-wsch.) mały|Grób symboliczny Stefana Krudowskiego na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie Jego żoną była Zofia, z domu Kuczyńska, z którą miał dwóch synów. Jego brat Jan (1882–1940) także był jeńcem w Kozielsku i został również ofiarą zbrodni katyńskiej.
Upamiętnienie Minister Obrony Narodowej decyzją Nr 439/MON z 5 października 2007 awansował go pośmiertnie do stopnia podpułkownikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.