Misja teleskopu kosmicznego została zakończona, ale analiza zebranych danych obserwacyjnych będzie trwała przez następne lata.
Po wyczerpaniu zapasu helu, inżynierowie z Europejskiego Centrum Operacji Kosmicznych w Darmstadt wykorzystali satelitę do przeprowadzenia serii testów technologicznych. Posłużyły one do walidacji sprzętu, oprogramowania i funkcjonalności systemów, które mają zostać użyte w przyszłych misjach kosmicznych. Wykonano też serię manewrów, po których obserwatorium opuściło dotychczasową orbitę wokół punktu L2 układu Ziemia – Słońce i zostało wprowadzane na orbitę heliocentryczną o peryhelium 1,04 au, aphelium 1,06 au i nachyleniu względem ekliptyki 0,19°. Największy manewr, polegający na trwającym 7 h 45 min odpaleniu silników, został przeprowadzony 13 i 14 maja. 17 czerwca 2013, po ostatnim odpaleniu silników, został zużyty cały zapas paliwa na pokładzie satelity. Po zakończeniu tego manewru, z centrum kontroli lotu, wysłano o 12:25 UTC ostatnią komendę, nakazującą wyłączenie transpondera na pokładzie obserwatorium.
Całkowity koszt misji Obserwatorium Herschela wyniósł około 1 miliarda euro.