25 maja 1945 4 Dywizja Piechoty została wydzielona ze składu Wojska Polskiego jako podstawa do formowania Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego – wojsk wewnętrznych podporządkowanych Ministerstwu Bezpieczeństwa Publicznego, z przekazaniem składu osobowego. Jan Niewiński został awansowany do stopnia porucznika. Kolejno: dowódca plutonu kawalerii w Szkole Oficerskiej KBW, dowódca plutonu w kompanii politycznej, po ukończeniu kursu dla oficerów instruktorów wychowania fizycznego – starszy wykładowca w podoficerskim pułku szkolnym KBW w Szczytnie.
Od 1948 starszy inspektor wyszkolenia w Oddziale Wyszkolenia Bojowego Wojsk KBW Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego w Warszawie. Po ukończeniu przyspieszonego rocznego kursu dla oficerów na Akademii Wychowania Fizycznego awansowany do stopnia kapitana KBW i mianowany na szefa wyszkolenia fizycznego wojsk KBW. Skierowany do władz Zrzeszenia Klubów Sportowych „Gwardia”, struktury organizacyjnej podporządkowanej MBP kierującej organizacjami sportowymi w strukturach Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego, a po jego likwidacji (1954) w strukturach Ministerstwa Spraw Wewnętrznych (tzw. gwardyjskimi klubami sportowymi).