Choroba i śmierć Wyczerpanie fizyczne i psychiczne całego organizmu podczas wieloletniego śledztwa i więzienia nie pozostało bez wpływu na zdrowie biskupa. Zachorował na dusznicę bolesną, objawiającą się napadowymi bólami zamostkowymi, którym czasem towarzyszy uczucie zbliżającej się śmierci. Po kilku latach od uwolnienia, z powodu ciągle pogarszającego się zdrowia, wyjechał do Nałęczowa. Tam czuł się coraz gorzej. Dolegliwości sercowe zaczęły się nasilać. Pod opieką lekarzy został przewieziony do kliniki Akademii Medycznej w Lublinie.
Biskup Kaczmarek nie zdołał już powrócić do zdrowia. Nastąpiły kolejne zawały serca. Zmarł 26 sierpnia 1963.
Ani prymas Stefan Wyszyński, ani inni biskupi uczestniczący wówczas w konferencji w Częstochowie nie wzięli udziału w pogrzebie Czesława Kaczmarka. Obecny był natomiast biskup Karol Wojtyła.
Odznaczenia, upamiętnienie Postanowieniem prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego z 7 listopada 2007 „za wybitne zasługi dla niepodległości Rzeczypospolitej Polskiej, za działalność duszpasterską i charytatywną” został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski.. Order przekazano 11 listopada tego samego roku na ręce biskupa kieleckiego bp. Kazimierza Ryczana podczas uroczystej mszy św.